Uygun şekilde üretilmiş ve önerilen oranlarda yakıta karıştırılmış biodizel kullanımı motora herhangi bir zarar vermektedir. Ülkemizde yaşanan biodizel arızalarının başlıca iki nedeni şunlardır:
-Biodizelin önerilen oranlarda yakıta karıştırılmaması:
Biodizelin yanma sonucu motorine göre daha düşük ısı vermesi ve saf kullanıldığı zaman motor aksamındaki doğal lastik ve kauçuk malzemeleri ile reaksiyona girmesi ve parçalamasından dolayı yakıta belirli oranlarda karıştırılması gerekmektedir. Ülkemizdeki çoğu uygulamanın aksine biodizelin yakıt içerisindeki oranı kesinlikle %20′yi geçmemelidir.
Devamı…"Biodizel kullanmak motora zarar verirmi ?"
Içten yanmalı motorlarda motorun hareketli parçaları birbirlerine sürterek zamanla aşınırlar. Bir süre sonra parçalar arasında yağ filminin muntazam oluşmaması, kompresyon kaçaklarının artması ve yağın yakıta aşırı miktarda karışarak yanması sonucu motor başlangıçta göstermiş olduğu performanstan uzaklaşır ve motorda güç düşmesi gözlenir. 
Içten yanmalı motorlarda yağın temel görevi motordaki toplam sürtünmeyi azaltmak ve sürtünen parçaları aşınmaya karşı korumaktır. Pistonlar, segmanlar ve motor bloğu arasında sürekli olarak bulunan bir miktar yağ motordaki her bir patlamada az bir miktarda yanar ve yanmış yağlar egzoz gazları ile birlikte motordan uzaklaştırılır. Bundan dolayı içten yanmalı motorların hepsi bir miktar yağ eksiltmektedir.